朱元璋在广纳英才、设立都察、废除丞相三管齐下后，马上走出第四招：设锦衣卫。淮西集团和浙东集团的争斗，以两败俱伤结局收场让朱元璋很是震惊，震惊之余，朱元璋撤销了“罪魁祸首”——“丞相”这一职位和中书省机构，还开始了一项令朝野上下闻之毛骨悚然的新发明创作——锦衣卫。
锦衣卫亦即秘密特务组织及刑狱机构。是啊，身世坎坷的朱元璋生性本就多疑，在贵为人主之后，给朝中大臣们这一搅和，更是缺乏安全感，生怕臣下对自己不忠，更担心千辛万苦得来的江山与荣华富贵会化为乌有，因而他时时处处充满戒备之心，对臣下的一举一动都不放过。他不仅要求大臣们当面对他毕恭毕敬，言听计从，忠贞不贰，就是出朝回府之后的言行也要在他的监视与掌握之中。为此，朱元璋煞费苦心，派出密探四处巡视，保证以最快的速度向他汇报各位大臣的动向。
于是，聪明绝顶的朱元璋决定以锦衣卫来为自己保驾护航。《水东日记》曾记载了这样一件趣事，典型地反映了朱元璋手下密探的厉害：大臣钱宰受命编纂《孟子节文》，连日劳作，自感非常疲倦，一日散朝回到家后诗兴突发，成诗一道云：
四鼓咚咚起着衣，
午门朝见尚嫌迟。
何时得遂田园乐，
睡到人间饭熟时。
这本是一篇信笔之作，诗成之后，钱宰也就宽衣歇息了。没想到第二日上早朝时，朱元璋一见钱宰就笑着说：“昨天爱卿作了一首好诗啊，可是寡人没有嫌你上朝‘迟’呀，是不是用‘忧’字更好一些呢?”这一番话说得钱宰心惊肉跳，连忙磕头谢罪，心中暗自庆幸，多亏昨日还没有胡言乱语，否则今天此头就难保了。
朱元璋如果仅仅派亲信四处刺探臣下的隐私，显然还不足以对朝野构成严重威慑。起初。朱元璋任用的亲信密探名曰“检校”，任务是专门负责侦察探听在京大小衙门官吏不公不法之事，及风闻之事，事无大小，全部上奏。
洪武十五年(公元1382年)四月十六日，著名的皇家特务衙门——锦衣卫正式挂牌。所谓“卫”者，皇帝亲军之谓也，但锦衣卫的使命主要不在于保护皇帝的人身安全，而且专掌不法风闻之事。锦衣卫随驾出行。这些衣着华丽的男人最初只是皇家的仪仗队，日后却慢慢演变为一个令人闻风丧胆的特务机构。
锦衣卫的首领称为指挥使(或指挥同知、指挥佥事)，一般由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任。其职能是：“掌直驾侍卫、巡查缉捕。”一个顿号，基本上把锦衣卫分成两个截然不同的部门。负责执掌侍卫、展列仪仗和随同皇帝出巡的锦衣卫，基本上与传统的禁卫军没什么两样，其中比较著名的为“大汉将军”。这些人虽名为“将军”，其实只负责在殿中侍立，传递皇帝的命令，兼做保卫工作，说白了，就是皇宫大殿上的桩子。
当然，这些“桩子”也非等闲之辈，一般都是牛高马大，虎背熊腰，而且中气十足，声音洪亮，从外表上看颇有威严，对不了解明廷底细的人有一定的震慑作用。至于“巡查缉捕”，则是锦衣卫区别于其他各朝禁卫军的特殊之处，也是它为什么能被人们牢牢记住的原因。其实朱元璋建立锦衣卫的初衷也只是用来卤簿仪仗，但后来由于他大肆屠戮功臣，感觉传统的司法机构刑部、大理寺、都察院使用起来不太顺手，于是将锦衣卫的保卫功能提升起来，使其成为皇帝的私人警察。负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南北镇抚司，其中北镇抚司专理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱(诏狱)，可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。南北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。
校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，被称为“缇骑”(大家对这个名词一定很熟悉)。缇骑的数量，最少时为1000，最多时多达6万之众。锦衣卫官校一般从民间选拔孔武有力、无不良记录的良民入充，之后凭能力和资历逐级升迁。同时，锦衣卫的官职也允许世袭。
上有所好，下必甚焉。锦衣卫的设立，为愿意充当御用爪牙的臣子提供了真正的用武之地。不少人因此而受到朱元璋的宠任，如高见贤、夏煜、杨宪和凌悦均以“伺察搏击”驰名一时，就连功高盖世的公侯都惧之三分。而他们却博得了朱元璋的欢心，朱元璋曾得意扬扬说：“唯此数人，譬如恶犬，则人怕。”这一比喻是十分贴切的，为了保住朱氏社稷，朱元璋可谓煞费苦心，不惜采用“以毒攻毒”的手段，用邪恶的方式来遏制群臣。事实证明，锦衣卫确为朱元璋铲除异己、大肆屠戮的得力帮凶。朱元璋大杀功臣，罗织大狱，绝大多数都是锦衣卫的干将承旨而为。朱元璋设立锦衣卫，是为了监视各级官吏的不法行为。皇帝本人不可能事必躬亲，去认真审理锦衣卫吏员所告发的每一件案情，因而定罪与量刑就完全掌握在锦衣卫官吏之手。朱元璋特别喜欢使用酷刑，锦衣卫官吏在实际运用中可以说是无所不用其极。古语云“欲加之罪，何患无辞”，重刑之下，求死不得，焉能不诬?因此，锦衣卫就成为这些皇家特工发泄淫威、任意胡为的工具。
锦衣卫的工作职责除了侦察各种情报、处理皇帝交付的案件外，另一项著名的职能就是“执掌廷杖”。廷杖制度是皇帝用来教训不听话的士大夫的一项酷刑。一旦哪位倒霉官员触怒了皇帝，被宣布加以廷杖，他就立刻被扒去官服，反绑双手，押至行刑地点午门。在那里，司礼监掌印太监和锦衣卫指挥使一左一右早已严阵以待。受刑者裹在一个大布里，随着一声“打”字，棍棒就如雨点般落在他的大腿和屁股上。行刑者为锦衣卫校尉，他们都受过严格训练，技艺纯熟，能够准确根据司礼太监和锦衣卫指挥使的暗示掌握受刑人的生死。如果这两人两脚像八字形张开，表示可留杖下人一条活命;反之，如果脚尖向内靠拢，则杖下人就只有死路一条了。杖完之后，还要提起裹着受刑人布的四角，抬起后再重重摔下，此时布中人就算不死，也去了半条命。
相对于杖刑、夹棍等刑罚，厂卫不常使用的几大酷刑可就令世人不寒而栗了，在几大酷刑中，刷洗、油煎、灌毒药、站重枷能把人折磨得死去活来，生不如死。
刷洗：就是将犯人脱光衣服按在铁床上，用滚烫的开水浇在犯人的身上，然后趁热用钉满铁钉的铁刷子在烫过的部位用力刷洗，刷到露出白骨，最后直到犯人死去。
油煎：类似于后来的铁烙铁。将一口平的铁盘烧热后，将人放在上面，不到片刻，就将犯人烧焦了。
灌毒药：特务们灌一次毒药，然后喂一次解毒药，然后再灌另一种毒药，直到将犯人毒死，目的是使犯人尝遍了死的恐怖和痛苦，特务们从旁观赏。
站重枷：明代的这一刑法很特别，戴枷之人必须站立，不准坐卧。枷的重量超过常人体重，最重曾经做过300斤的大枷，给犯人戴上后几天就得活活累死。据明朝野史记载，厂卫杀人的酷刑还有剥皮、铲头会、钩肠等。据说，这些刑罚又要胜过以上所说的几种酷刑。
锦衣卫直接受命于皇帝，其他官员无权干涉他们的所作所为。因此，锦衣卫事实上就有了一把至高无上的保护伞，其飞扬跋扈的程度甚至可以不把三法司放在眼里。但为了遮挡天下人的视听，锦衣卫往往将审理好的结果交给刑部。因此，在当时人眼中，锦衣卫及“诏狱”成为最高的刑法审理机构。“法司可以空曹，刑官为冗员矣!”三法司的职能与权力为皇帝及锦衣卫所剥夺，实际上导致了王朝法制系统的破坏，朝廷法权竟成为锦衣卫官吏胡作非为的工具。
