水星凌日（Transit of Mercury）主要是一种天文现象。因为当水星运行至到地球和太阳之间，如果三者直接能够连成直线，便会产生一个水星凌日的现象。观测时一定还会发现有一个黑色的小圆点直接横向穿过太阳的圆面，因为黑色的小圆点就是这个水星的一个投影。水星凌日的出现主要发生在五月初或十一月初开始，平均每百年才出现十三次水星凌日的这种现象。因此所发生的水星凌日现象主要是在2003年的5月7日和2006年的11月8日和2016年5月9日。因为当水星在穿越地球与太阳之间的时候，就叫做水星凌日。水星仅88天就会环绕太阳一周，这种凌日的情形大约每四个月就会有一次。但是又由于地球并不是静止不动的，因此水星一定要远远超过地球所花的时间实际上要比88天要多。
水星凌日（transit of Mercury ）所发生的原理与日食十分的相似。由于水星和地球之间的绕日运行轨道并不在同一个平面之上，而是有一个大约7度的倾角。因此二者之间只有两个交点。即升交点与降交点。因此，只有水星在处于轨道上的这两个交点的附近，而当日水地三者之间又恰好排成一条直线时，在地球上就可以近距离的观察到太阳上有一个小黑斑在十分缓慢的移动，这种现象通常称之为水星凌日。因为小黑斑主要是由于水星挡住了一些太阳直接射向地球的一部分光而形成的。
水星凌日只能发生在这两个日期的前后。因为地球每年的5月8日前后都会经过水星轨道的一个降交点，每年的11月10日前后又会经过水星轨道当中的一个升交点。水星凌日通常都发生在5月的降交点比发生在11月的升交点要少许多。因此水星环绕太阳所运行的一个周期主要为88天，但是由于水星和地球之间属于公转运行轨道存在一定的夹角，因此水星、太阳和地球三者之间很少会排列在一条直线之上。因此这种水星凌日的天象每个世纪也只会出现13次。
水星凌日就是指每当水星处在低位的交汇点所靠近黄道圈时，会被称之为穿越轨道节点。因为根据水星朝南运动还是朝北运动的主要方式，主要分成上升节点和下降节点两种。当水星和地球之间处于AA的位置时，就会发生水星凌日的一些现象。这是因为当水星直接穿过下降节点时，处于低位的交汇点。因此当两个星球完全处于BB的位置时，从地球上看，水星就会直接从太阳的下面进行穿越。尽管水星也处于很低位的一个交汇点，但是它离黄道圈却很远。我们还可以看到更高位交汇点的一些主要情况。由于水星恰好处在太阳的后面，因此也就不会发生水星凌日的现象，但是水星同时也可以被太阳所隐藏。
水星凌日当中，由于水星会从黄道圈的北部向南开始，因此会朝着下降节点做运动。这种情形和日全食的一些情形十分相同，只不过处于主要轨道节点的是月亮而已，主要的不同在于因为月亮主要围着地球而转，而不是太阳。2006年的11月8日左右水星会及时穿越内合(inferior conjunction)，内合是指水星位于太阳和地球之间的一个点。通常情况之下，我们在内合期间根本就看不到这颗距离太阳最近的一颗行星。但这一次，当水星进行穿越时将会产生一个令人惊叹的天文现象，就是当水星的轮廓缓缓的移过太阳的盘面时，我们可以用小型的望远镜便能看到此次天文的奇观。因此天文学家将这种天文事件称之为是凌日。
水星凌日主要发生在5月的降交点比发生在11月的升交点还要少许多。因此一生当中能在5月看到两次水星凌日的人，简直就是凤毛麟角。虽然有几千万人，但至今还没有发现有人在5月看过两次水星凌日。未来五次5月的水星凌日将发生在2016年5月9日，2049年的5月7日，2062年的5月11日，2095年的5月9日，2108年的5月12日。中国如果要在下次能够在5月看到水星凌日的整个全过程，就要等到2108年的5月12日。因为其余的四次水星凌日全部都将发生在夜间，中国不能看到或不能看到全过程。因此，2003年5月7日的水星凌日，千万不可错过。错过就要等105年。
